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Il Comune innalza un proprio stemma con il motto STATUTIS FRUITA SUIS. Presso l’Archivio Centrale dello Stato di Roma è però trascritto il decreto di riconoscimento del 14 luglio 1938, non riferito a quello attuale. Nei codici araldici conservati nella Biblioteca Civica di Bergamo, in particolare nel Pagano e nel Camozzi, esistono tre diverse versioni dello stemma riferite alla comunità di San Pellegrino. Dopo averne ottenuta copia autenticata dal bibliotecario Giuseppe Locatelli il 13 settembre 1933, il commissario prefettizio Giovanni Frongia, con propria delibera del 15 settembre 1933, approvò lo stemma più antico, quello con la croce trifogliata e le tre fasce increspate d’azzurro alludenti lontana mente all’acqua termale.
Frongia si espresse con le seguenti parole: — ritenuta la convenienza per il decoro e la storia del comune di ottenere il riconoscimento; ritenuto che in seguito a tale riconoscimento si eviterà di apportare delle varianti che col tempo potrebbero modificare completamente l’antichissima forma originaria. La Consulta Araldica della Presidenza del Consiglio dei Ministri, nell’adunanza del 13 giugno 1935, diede il nulla osta al riconoscimento dello stemma. L’emblema attuale invece, è quello che assume negli inquartati, su fondo di rosso, la croce d’argento scorciata, i cui bracci non toccano i bordi del campo; nei rimanenti, un cuneato di due di verde, una linea ricalcante la forma di una punta, che ricorda in modo stilizzato dei pini, una delle principali specie di alberi presente nel territorio.
