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Lo stemma di Villongo, ripreso da un vecchio progetto ideato dallo Studio Araldico di Genova, riflette gli aspetti e le caratteristiche del paese.
Correttamente caricata su fondo d’argento, la torre di rosso, che occupa la parte centrale dello scudo, è caratterizzata dalla presenza di una porta e dalle commettiture, lo spazio tra le pietre, di colore nero; inoltre è merlata di tre alla guelfa, cioè presenta una merlatura formata da tre merli che sono disegnati come dei piccoli rettangoli.
Ricorda e simboleggia la stessa cittadina di Villongo, posta nella Valcalepio e possedimento degli omonimi conti.
La denominazione del paese rimanda alla presenza ai tempi dei Romani di un vicus, un agglomerato di case e di terreni appartenenti alla circoscrizione dei Calepio.
Il monte di verde su cui è appoggiata la torre, posizionato nella parte inferiore dello scudo, pertanto poteva essere usata la terminologia fondato in punta, si riferisce quasi certamente all’altimetria del paese, dislocato su un’altura della Valcalepio.
Le altre figure presenti nello scudo, poco al di sopra della torre, sono le tre stelle di azzurro raggiate di sei, cioè formate da sei punte, caratteristica che poteva omettersi nella blasonatura perché la figura ordinaria della stella prevede sei punte; sono disposte secondo la pezza araldica della fascia, in orizzontale.
Alludono al paese stesso di Villongo e alle sue frazioni di San Filastro e Sant’Alessandro.